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第1話「旅立ち」 |
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| 惑星タビトに住む学と護の兄弟は、内緒で父・渉の指揮する車輌「ビッグワン」へと乗り込む。そして、危険な任務を担う父と共に宇宙へ旅立つことに…。 |
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| 第2話「時の結び目」 |

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空間鉄道警備隊(SDF)の入隊試験に合格した学は、SDFの本拠地“惑星ディスティニー”へと向かう。移動する列車内で、同じくSDFに入隊するルイと偶然出会う。 |
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| 第3話「運命の動輪」 |

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学は父親の渉と同じシリウス小隊に配属された。新入りの学に対して冷たい態度をとる先輩のブルース。そんななか、620号列車で立てこもり事件発生との連絡があった。 |
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| 第4話「永遠という名の・・・」 |

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惑星メリディエスには3ヶ月に1度、わずか10分間の間だけ夜が訪れる。そして、その瞬間に死者を乗せた漆黒の列車「幽霊列車」が停車するという。 |
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| 第5話「ビッグワン強奪」 |

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惑星リオグランデの事故にシリウス小隊が出動。しかし、それは宇宙海賊ガイ・サンダーが仕組んだ罠で、シリウス小隊専用車両“ビッグワン”が強奪されてしまった。 |
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| 第6話「闇の慟哭(前編)」 |

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大マゼラン行き特急列車323号が、爆破テロに遭った。列車の残骸を見てショックを受けた学は、隊員としての任務を果たせずシリウス小隊隊長バルジに謹慎を言い渡される。 |
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| 第7話「闇の慟哭(後編)」 |

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学の謹慎処分が解けた。一連の爆破テロの被害車両は同じ日にディスティニーを発っていることが判明。ビックワンは次に予想される爆破を阻止するために列車救出に向かう。 |
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| 第8話「残照」 |

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老人ホイットマンにしごかれながらポンコツ車輌の整備をさせられていた学。その時、惑星ロザムントでペガサスエクスプレスが磁気雪崩に巻き込まれて立ち往生してしまう。 |
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| 第9話「記憶の回廊」 |

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SDFシリウス小隊は惑星ディオで2日間の休暇を過ごすことになった。緑あふれるこの惑星には、人の辛い記憶を盗む妖精サライが住んでいるという。 |
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| 第10話「分岐点」 |

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宇宙に浮かぶ空間軌道ジャンクションで、停車中の囚人護送列車から囚人が脱走した。人を助けるために作られた医療用セクサロイドのユキは、負傷した囚人を治療しようとする。 |
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| 第11話「慕情」 |

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ビッグワンは、立ち往生した循環特急134号を牽引して惑星コルネリアに停車した。その街でバルジは、かつての恋人カタリナの姿を見かける。 |
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| 第12話「黄昏」 |

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間もなく消滅する運命にある惑星アーベントでは、全住民が他の惑星へ移住することになっている。惑星に残された住民の有無を確認するため、学は郊外のある地区に向かった。 |
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| 第13話「運命列車」 |

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故郷タビトを発った学は、間違って銀河鉄道777号に乗ってしまった。777号は停車駅や終着駅が定まらない行き先不明列車。列車は次元ホールに突入し、別の宇宙へ・・・。 |
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| 第14話「絆」 |

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学とルイはクラリオス星団共和国のドレイク大統領の空間鉄道間の警護を命じられた。しかし、ルイはこの任務に気乗りがしない様子。実はルイはドレイク大統領の娘だった。 |
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| 第15話「共同戦線」 |

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巨大なヴァンデルン流星群が、宇宙ステーションに近づきつつあった。SDFは、ジュリア率いるスピカ小隊と村瀬率いるべガ小隊を出動させた。 |
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| 第16話「セクサロイド」 |

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銀河鉄道公営のカジノ列車・グレイスウェルシーが走行中、海賊の集中砲火を浴び、あらゆる金属を腐蝕させる大気と土壌を持つ惑星グィンに不時着してしまう。 |
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| 第17話「鎧の女神」 |

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雪と氷に閉ざされた惑星ハーガ・ルーに正体不明の小型機が墜落した。付近を警ら中だったシリウス小隊は、現場へ向かいトレジャーハンターを保護する。 |
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| 第18話「死活」 |

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SDF本部に何者かが侵入し、ブルースと学は館内の捜索を開始する。敵を追い詰めた間際、ブルースの目の前で、敵の手によって学の胸が貫かれてしまう。 |
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| 第19話「静謐の刻」 |

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多くの観光客を乗せたリゾート列車610号の車内には、休日を楽しむSDFのシリウス、べガ、スピカそれぞれの小隊隊員たちの姿があった。 |
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| 第20話「選択」 |

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ベガ隊のシュナイダー、スピカ隊の愛と共にSPG合同研修訓練を受ける学。SPGヨハンソン隊長は、研修次第で学にエリート部隊SPGへの道が用意されていることを告げる。 |
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| 第21話「背反」 |

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惑星クーロンからの微弱なSDF救難信号があった。しかし信号発信元宙域には、SDF関係車輌は一輌もない。謎の信号を確認及び要救護者保護の為、ビッグワンに出動要請が出た。 |
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第22話「無常の 」 |

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謎の艦隊との戦闘から強行離脱したビッグワンは、サザーランド第4星系に不時着した。強行離脱の際、ルイは重傷を負ってしまっていた。 |
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| 第23話「非情なる裁定」 |

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大切な仲間を失い意気消沈するシリウス小隊の隊員達。そんな彼らに追い討ちをかけるように査問委員会からバルジ隊長に出頭命令が下った。 |
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| 第24話「燃える銀河」 |

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敵勢力の展開を受け、各主要施設の警護任務に向かうSDF各隊。SPGもまた敵勢力殲滅へ向かうが、敵艦隊の圧倒的な戦力の前に壊滅してしまう。 |
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| 第25話「命の谺」 |

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敵勢力の圧倒的な戦力の前に敗走を繰り返し、壊滅寸前まで追い込まれた銀河鉄道。ついにディスティニー最終防衛ライン、防衛要塞アネックス宙域まで侵攻されてしまう。 |
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| 第26話(最終話)「遥かなる想い」 |

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敵艦隊を辛くも退けたシリウス小隊。しかし、巨大な空間歪が発生しさらなる大艦隊と巨大戦艦が姿を現した。ビッグワンは強襲揚陸作戦にすべてをかける・・・。 |
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